W tytułowej Dolinie Bogów krzyżują się trzy wątki narracyjne, które prowokują widza do własnych interpretacji. Pierwszy to archaiczna legenda Indian Navajo o bogach zamkniętych w skałach doliny Valley of the Gods pełna bogatej symboliki i archetypów. Drugi to historia najbogatszego człowieka globu, tajemniczego Wesa Taurosa (John Malkovich), który dotknięty osobistą tragedią, ukrywa się przed światem. Trzeci wątek jest historią narratora, Johna Ecasa (Josh Hartnett), pisarza, który zmaga się z traumatycznym rozstaniem z żoną i twórczym kryzysem....
Jest połowa XX wieku w Polsce Ludowej. Adam mieszka z matką, którą niepokoją funkcjonariusze Urzędu Bezpieczeństwa. Ojciec Adama jako pilot bronił Albionu podczas II wojny światowej i słuch o nim zaginął. Nie wiadomo czy pozostał w Anglii, czy wrócił do kraju i ukrywa się, by uniknąć prześladowań. Przychodzą od niego paczki i kartki pocztowe, ale Adam, który nigdy nie widział swojego ojca, podejrzewa, że paczki przysyła ktoś inny. W szkole bezustannie marzy, że któregoś dnia ojciec wyląduje na zakurzonym boisku w swoim Spitfajerze i wznieci tuman pyłu, z którego wyłoni się żywy, bohaterski i wspaniały. Tymczasem oglądając w kinie "Pogardę" Jeana-Luca Godarda przenosi się do garderoby młodej Brigitte Bardot i jej świata gwiazd filmu i muzyki....
